- WIWS
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WHAT IF网络服务基于WHAT IF软件包，用于大分子的分析、显像和结构验证。该蛋白质结构生物信息学网络服务有1600多种不同的功能。
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- WebLab
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一个综合的知识分享系统，可以由来自世界各地的生物学科研工作人员共同完成，WebLab可以让用户使用206多个集成的生物信息学工具在直观的网络界面下获取、分析、操纵和分享数据。这些工具也可以根据用户的工作流进行组织安排。
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- GeneCodis
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GeneCodis始创于2007年，最初用于分析数量庞大的模型，现在对基因列表功能分析、不同来源的信息的交互都很有帮助.GeneCodis也可以用来寻找调节方式以及相互注释的单个和模块模式。
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- SMAP-WS
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SMAP 提供了一个用户友好的界面和编程接口来研究蛋白质配位体的相互作用。对于研究和理解蛋白质的结构、功能、进化和设计安全的医疗方法都很有帮助。
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- EBI Tools
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EBI Tools是一个开发提供一系列数据库检索、分析方案的项目。由欧洲生物信息学研究院提供简单对象访问协议以及其他相关网络服务技术支持。
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- Chinook
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Chinook主要提供开发、应用和评估生物信息学程序的点对点的服务。Chinook使开发者可以用一种网络应用来连接和运行分布式的生物信息学程序。
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- BioBIKE
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BioBIKE是一种网络基础环境，用户可以在几乎不具备编程方面的专业知识的情况下把工具、数据、知识用一种新颖而且复杂的方式融合在一起。BioBIKE主要由三部分组成：生物知识库，一个图形化的编程界面，一系列的扩展工具。用户也可以开发自己的工具。
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